In Deutschland bestand in der Vergangenheit eine Jodmangelversorgung. Da der Jodmangel das Wachstum der Schilddrüse und die Entwicklung von Knoten begünstigt, findet man heute bei mehr als einem Drittel aller Erwachsenen eine vergrößerte Schilddrüse (sog. „Struma“) oder Schilddrüsenknoten (sog. „Struma nodosa“). Schilddrüsenknoten sind in nahezu 99% der Fälle gutartig und bereiten nur selten lokale Beschwerden, wie z. B. Schluckbeschwerden, haben aber eine Bedeutung für die Schilddrüsenfunktion. Bestimmte Schilddrüsenknoten (sog. Autonome Adenome) entziehen sich der Steuerung aus der Hirnanhangsdrüse und dem Zwischenhirn und können dadurch unkontrolliert Schilddrüsenhormone freisetzen. In der Folge kann sich eine Schilddrüsenüberfunktion mit den entsprechenden negativen Auswirkungen auf den Stoffwechsel entwickeln.

Autoimmunerkrankungen der Schilddrüse kommen häufig bei Frauen mit Kinderwunsch vor. Bei diesen Erkrankungen bildet das Immunsystem Abwehrstoffe (Antikörper) die fehlgeleitet gegen Strukturen der Schilddrüsenzelle gerichtet sind. Je nach Angriffspunkt der Antikörper ergeben sich unterschiedliche Auswirkungen. Sind die Antikörper gegen bestimmte Proteine und Enzyme in der Schilddrüsenzelle gerichtet (TG-AK, TPO-AK) kommt es zu einer entzündlichen Zerstörung, die als Autoimmunthyreoiditis vom Typ Hashimoto (oder Hashimoto Thyreoiditis) bezeichnet wird. Die Hashimoto Thyreoiditis hat eine Häufigkeit von bis zu 10%, wobei Frauen häufiger als Männer betroffen sind. Infolge der autoimmunologischen Zerstörung von Schilddrüsenzellen bildet sich im Verlauf häufig eine Unterfunktion aus, die einer Behandlung bedarf. Zudem scheint die Hashimoto Thyreoiditis aufgrund der Antikörperbildung auch eine von der Schilddrüsenfunktion unabhängige Beeinträchtigung von Fertilität und Schwangerschaft zu verursachen. Im Gegensatz zur Hashimoto Thyreoiditis besteht beim Morbus Basedow meist eine Überfunktion der Schilddrüse. Die Überfunktion wird durch Autoantikörper gegen stimulierende TSH-Rezeptor-Antikörper (TRAK) hervorgerufen. Die Häufigkeit des Morbus Basedow ist mit ca. 2-3% etwas geringer als die der Hashimoto Thyreoiditis. Als Besonderheit tritt beim Morbus Basedow in der Schwangerschaft selten auch eine Übertragung  der Antikörper auf das ungeborene Kind auf.